2019年6月20日发布的2019自然指数年度榜单（Nature Index 2019 annual tables）显示，南京大学位居全球高校第11位，中国高校第3位。2017-2018归一化指数（Adjusted FC）增长13.8%（328.18-381.32），在全球前20所高校中增幅第2。此次自然指数年度榜单首次推出经过归一化计算的大学科研机构榜单，考虑了一家机构已发表高质量科研论文的数量在其自然科学论文总产出中所占的比例。归一化计算让不同规模的机构能在同一基础上进行比较。

　　在化学领域，南京大学位居全球高校首位，2017-2018归一化指数增长25.8%（157.39-206.81），增幅为全球前10所高校之首。

　　在地球与环境科学领域，南京大学位居全球第2位，中国高校第1位。

　　2017-2018归一化指数增长21.9%（58.6-75.26），

　　增幅为全球前10所高校第3。

　　在物理领域，南京大学位居全球第10位，中国高校第4位。

　　2017-2018归一化指数增长9.1%（114.75-125.55），

　　增幅为全球前10所高校首位。

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